Deux semaines après le 1er septembre, la facture électronique n’a fait tomber aucun système : elle a surtout révélé des données mal tenues. Factures rejetées pour un SIREN erroné, entreprises introuvables dans l’annuaire, fournisseurs qui continuent d’envoyer des PDF, délais de paiement qui s’allongent : voici les écueils que nous voyons chez nos clients depuis la bascule, et comment les traiter.
Où en est-on
Depuis le 1er septembre 2026, toutes les entreprises assujetties à la TVA doivent pouvoir recevoir des factures électroniques par une plateforme agréée ; plus de cent quarante plateformes figurent sur la liste publiée par l’administration. L’obligation d’émettre ne pèse, à ce stade, que sur les grandes entreprises et les entreprises de taille intermédiaire : les PME et les TPE suivront le 1er septembre 2027.
L’administration a publié un guide pratique en vingt-neuf fiches pour accompagner le démarrage et annoncé qu’aucune sanction ne serait appliquée automatiquement aux entreprises rencontrant des difficultés réelles, dès lors qu’elles sont engagées dans une démarche sérieuse de mise en conformité. Pour la réception, la loi prévoit de toute façon une mise en demeure de trois mois avant toute amende. Conservez donc la trace de vos démarches : contrat de plateforme, échanges avec votre éditeur, tests effectués.
Les cinq écueils les plus fréquents
1. Le SIREN erroné, et la facture qui disparaît
C’est, de loin, le premier motif de rejet. Une facture adressée avec un SIREN inexact, ou avec le SIREN du siège quand l’établissement destinataire a son propre SIRET, n’atteint pas son destinataire. Le piège : l’émetteur n’est pas toujours averti immédiatement, et le destinataire ne sait pas qu’une facture l’attendait. Résultat : une facture considérée comme envoyée d’un côté, jamais reçue de l’autre, découverte à la relance.
Ce qu’il faut faire : reprendre votre fichier clients et vérifier chaque SIREN sur l’annuaire des entreprises, corriger les fiches, et demander à vos fournisseurs de confirmer le vôtre. Un quart d’heure par dizaine de fiches, une fois pour toutes.
2. L’entreprise absente de l’annuaire
Beaucoup d’entreprises ont signé avec une plateforme sans vérifier que leur inscription à l’annuaire central était effective. Tant que le SIREN n’y est pas associé à une plateforme, les factures restent bloquées chez l’émetteur.
Ce qu’il faut faire : demander à votre plateforme la confirmation écrite de votre inscription, et faire un test réel — une facture de test envoyée par un partenaire, pas par la plateforme elle-même.
3. Le fournisseur qui continue d’envoyer un PDF
C’est la situation la plus courante, et elle est normale : vos fournisseurs PME ne sont pas tenus d’émettre avant septembre 2027. Un PDF reçu par courriel reste donc une facture valable pour l’instant. L’erreur serait de le refuser ou de le mettre de côté.
Ce qu’il faut faire : assumer deux canaux pendant un an, avec une règle claire — qui relève la plateforme, qui relève la boîte mail, et à quelle fréquence — et un seul point d’arrivée pour la validation et la comptabilisation.
4. La facture reçue que personne ne regarde
Le cas le plus coûteux. La plateforme fonctionne, les factures arrivent, et personne ne s’y connecte parce que l’habitude est de regarder les courriels. Les grands fournisseurs ayant basculé en septembre, ce sont souvent les factures d’énergie, de télécommunications ou de location qui dorment — celles dont le non-paiement entraîne une suspension de service.
Ce qu’il faut faire : activer les notifications par courriel de la plateforme, et inscrire au calendrier un relevé deux fois par semaine, nommément confié à quelqu’un.
5. Le refus mal employé
Le refus d’une facture est devenu un acte formel, renvoyé à l’émetteur avec un statut. Utilisé pour un désaccord commercial — un prix contesté, une prestation discutée —, il bloque le cycle et n’ouvre aucune négociation. Il doit être réservé aux factures réellement non conformes : erreur de destinataire, mentions manquantes, objet inexistant.
Ce qu’il faut faire : traiter les litiges commerciaux par téléphone et par écrit comme avant, et demander un avoir plutôt que de refuser une facture qui, sur le fond, correspond à une livraison.
L’effet sur les délais de paiement
C’est la conséquence la moins anticipée : une facture rejetée repart à zéro, et le délai de paiement court à compter de la nouvelle émission. Pour un fournisseur, un rejet non traité peut représenter trois semaines de décalage de trésorerie. Deux réflexes s’imposent : surveiller les statuts de vos propres factures émises — déposée, reçue, refusée —, et ne pas attendre l’échéance pour s’étonner d’un silence. Les pénalités de retard et l’indemnité forfaitaire de 40 € restent dues de plein droit, mais elles ne remplacent pas un encaissement à l’heure.
Ce que la réforme révèle
Aucun des problèmes rencontrés depuis deux semaines n’est vraiment nouveau : les fichiers clients incomplets, les factures qui traînent sur un bureau, les circuits de validation flous existaient avant. La différence est qu’ils ne se voyaient pas, et qu’ils se voient désormais, immédiatement, avec un statut à l’appui. Les entreprises qui tenaient leurs pièces au mois le mois ont vécu une bascule sans histoire ; les autres découvrent en septembre ce qu’elles auraient dû traiter en juin.
Il reste onze mois avant l’obligation d’émettre pour les PME et les TPE. C’est le temps qu’il faut pour nettoyer un fichier clients, tester l’émission sur quelques clients volontaires, et mettre au propre le circuit de validation. Ce n’est pas trop.
Questions fréquentes
Une facture rejetée doit-elle être refaite entièrement ?
Oui : corriger la cause — adressage, mention manquante — puis réémettre. La facture rejetée n’a pas d’existence fiscale ; elle ne se corrige pas par un avoir.
Mon client me dit ne pas recevoir mes factures : comment vérifier ?
Regardez le statut dans votre plateforme. S’il indique un rejet d’adressage, le SIREN ou le SIRET utilisé est en cause. S’il indique « déposée » sans réception, c’est l’inscription du destinataire à l’annuaire qu’il faut vérifier — avec lui.
Puis-je encore changer de plateforme ?
Oui, à tout moment : l’annuaire est mis à jour avec la nouvelle. Vérifiez avant de partir ce que devient l’archivage de vos factures déjà transitées : elles doivent pouvoir vous suivre ou rester accessibles dix ans.
Espace Gestion reprend votre fichier clients, vérifie votre inscription à l’annuaire et organise le circuit de réception avec vous — puis prépare l’émission pour septembre 2027. Écrivez-nous à contact@espacegestions.fr ou découvrez le pôle Espace Gestion.
Sources
- Code général des impôts, articles 289 bis, 290, 1737 ; loi n° 2023-1322 du 29 décembre 2023, article 91 ; loi de finances pour 2026 (sanctions et mise en demeure).
- impots.gouv.fr : liste des plateformes agréées, guide pratique de démarrage, spécifications externes.
- Code de commerce, articles L. 441-10 et L. 441-11 (délais de paiement, pénalités et indemnité forfaitaire) ; observations recueillies auprès des entreprises accompagnées par Alyneia depuis le 1er septembre 2026.